En France, les territoires directement éligibles à ce programme sont les départements du Territoire de Belfort, du Doubs, de l’Ain et de la Haute-Savoie. Côté Suisse, les cantons suisses du Jura, de Neuchâtel, de Berne, de Vaud, de Genève et du Valais sont concernés.
Carte france suisse

Toutefois, comme la Confédération helvétique ne fait pas partie de l’Union Européenne, les porteurs de projet suisses ne peuvent percevoir de subventions communautaires sauf cas exceptionnels réglementairement prévus.

Jusqu'en 2000, les deux entités territoriales de l'Arc Jurassien (2,1 Millions d'habitants) et du Bassin Lémanique (2,6 millions d'habitants) disposaient chacune de leur programme Interreg France-Suisse. Ces deux entités ont été réunies pour Interreg III-A 2000-2006.

De nombreux projets de l’Ain ont bénéficié du programme INTERREG III : projets de R&D portés par le Centre Technique de Conservation des Produits alimentaires ou le laboratoire de Recherche en génie industrie Alimentaire implantés à Bourg en Bresse ou encore les bassins de rétention , les collecteurs ainsi que la galerie de raccordement dans le pays de Gex.
Présentation de projets exemplaires de l'Ain

A ce programme succède le programme INTERREG IV, doté d’une enveloppe de l’Union Européenne de 55 M€ de crédits FEDER pour 2007-2013 (+160 % par rapport à 2000-2006) destinés à soutenir la partie française des projets transfrontaliers et d'une enveloppe fédérale de 6 M€ à laquelle viendront s'ajouter les participations financières des cantons destinées à soutenir la partie suisse des projets transfrontaliers.

En effet, un projet transfrontalier France-Suisse se définit par la participation de deux maîtres d'ouvrage (l'un français, l'autre suisse) qui s'associent pour la mise en œuvre d'une opération commune, chacun des maîtres d'ouvrage restant responsable de son budget (dépenses, recettes).

Le programme Interreg IV France-Suisse a été élaboré par les partenaires institutionnels en s'efforçant de respecter les orientations, d'une part des Conseils européens dits de Lisbonne et Göteborg, selon lesquelles "l'économie européenne, fondée sur la connaissance, doit être la plus compétitive du monde, dans une logique de développement durable",- et d'autre part, de la Nouvelle Politique Régionale (NPR) suisse.

Un site Internet dédié à ce programme a été ouvert pour la journée de lancement officiel du programme, tenue le 02 octobre 2007,symbolisée par l’accueil de nombreux participants sur le Lausanne, un bateau de plaisance qui a traversé symboliquement le lac Léman pour faire une escale à Evian.

Le contenu du programme élaboré s’organise de la manière suivante (Les actions sont détaillées dans le document de mise en œuvre que vous trouverez ci-contre) :

Axe 1

Améliorer la compétitivité des territoires transfrontaliers et de leurs acteurs  dans les domaines de l’économie, l’innovation et la formation (doté de plus de 18 millions d’euros de crédits européens). Il a pour objet de soutenir des projets de coopération transfrontalières tels que :  appui aux entreprises et accompagnement des démarches collectives, production d’innovation et transfert de technologies, services d’accès à l’emploi, fluidité du marché de l’emploi, adaptation des qualifications aux besoins du marché du travail….

Axe 2

Favoriser l’aménagement et le développement durables des territoires dans les domaines du transport et de l’environnement ( doté de plus de 22 millions d’euros de crédits européens) pour les opérations suivantes : optimisation des déplacements en transports publics, soutien aux projets d’infrastructures et d’équipements (APS, APD, petits équipements…), mutualisation et connexion d’équipements existants participant à l’amélioration de la gestion de l’eau….

Axe 3

Favoriser l’accès à des services de qualité pour l’attractivité des territoires doté de plus de 11 millions d’euros de crédits européens pour les opérations suivantes : augmentation de l’offre de services à la population (petite enfance, périscolaire, santé, maintien à domicile…), développement des usages en TIC, développement de produits touristiques transfrontaliers, création de petits équipements culturels en commun, collaborations transfrontalières dans la prévision des risques naturels, sanitaires, environnementaux et industriels…

La fonction d’autorité de gestion (personne publique responsable devant la Commission européenne de l’élaboration, de la mise en œuvre et du suivi de ce programme) est désormais exercée par le Conseil régional de Franche Comté, l’Etat lui ayant transféré cette responsabilité.

Pour la mise en œuvre de la gestion de ce programme, cette autorité est assistée d’un Secrétariat Technique Commun (STC) basé à Besançon constitué d’une équipe à laquelle participent également des personnels mis à disposition par les cantons suisses. Afin de rapprocher le programme des porteurs de projet du bassin Lémanique, un second point de contact est désormais localisé à l’antenne régionale de la Région Rhône Alpes de la Roche sur Foron en Haute Savoie.